В поисках устройства, которое позволяло бы преобразовывать сырую нефть в жидкий водород для управления Технодромом, Крэнг случайно переносит мистера Огга из Измерения Z на Землю. Мистер Огг обладает способностью преобразовывать все что угодно во все что угодно. Огг обнаруживает коллекцию старинных ваз Шреддера и съедает ее, так как очень любит полакомиться старинным фарфором. Крэнг решает сыграть на слабости Огга к фарфору и говорит, что может принести ему еще несколько ваз, однако не может покинуть подземный мир, так как был изгнан Черепашками-ниндзя. Огг жалеет своих новых друзей и обещает помочь им избавиться от Черепашек.
Мистер Огг отправляется на поверхность и вскоре находит Черепашек. Он начинает устраивать им смертельные ловушки. Вскоре Черепашки обнаруживают, что Огг на самом деле не может повредить им, так как использует для ловушек фруктовое мороженное. Также они узнают о любви пришельца к фарфору и используют эту слабость для того, чтобы заманить Огга в музей, прежде чем он превратит Нью-Йорк в одно большое фруктовое мороженное.
Тем временем Шреддер, Бибоп и Рокстеди захватывают нефтяной танкер и начинают перекачивать нефть в Технодром. Черепашки, узнав, что преобразования Огга это всего лишь иллюзия, обманом возвращают его в Измерение Z. Крэнг и Шреддер избегают неприятностей с кражей нефти, однако в конце обнаруживают, что формула Огга по преобразованию нефти не работает.
Черепашки, удрученные тем, что Шреддер уходит от них снова и снова, начинают думать, что мир был бы лучше без них. Они просыпаются и обнаруживают, что их желание исполнилось – они находятся в мире, где никто не слышал о Черепашках-ниндзя! Хуже того – город, названный теперь Шреддервиллем, находится в ужасном состоянии и Технодром теперь стоит в парке! Эйприл и Ирма – прислужницы Бибопа и Рокстеди, а мрачным жителям города промывают мозги, чтобы те ненавидели мутантов.
Черепашки узнают от Крэнга, что Шреддер является правителем Шреддервилля, в то время, как сам Крэнг всего лишь изнуренный бюрократ, который даже не может совладать с управлением городом. Противостояние Шреддеру заканчивается взрывом Технодрома. Черепашки просыпаются и понимают, что это был всего лишь сон. Сплинтер понимающе улыбается.
Тележурналисту Эйприл О'Нил поручают расследовать кражи высоких технологий в городе. Она узнает, что возможными ворами являются ниндзя. Эйприл вместе со съемочной группой приезжает в лабораторию, где было ограбление, и там их окружают бандиты. Они загоняют Эйприл в канализацию, где ее спасают четыре воина, коими являются Черепашки-мутанты.
Черепашки приносят журналистку в убежище, где она узнает больше о них самих и об их учителе, крысе Сплинтере.
Не смотря на убедительные рассказы черепашек, Эйприл не верит в их невиновность. Тогда мутанты предлагают ей свою помощь в поисках настоящих воров. В ходе поисков они узнают, что их противниками являются роботы, которые в свою очередь похищают Эйприл. Черепашки спасают журналистку.
Шреддер, наблюдая за битвой черепашек со своими подопечными роботами через управляемые камеры, узнает стиль борьбы мутантов и понимает, что они – ученики известного наставника Хамато Йоши. Шреддер приказывает, чтобы его пехотинцы отступали к Технодрому и затопили здание. Черепашкам и Эйприл приходится убегать от потока воды по крыше здания. Им удается спастись до того, как само здание взрывается от гидравлического давления.
Сплинтер, учитель Черепах, изучает в логове униформу одного из роботов, и делает вывод, что это – часть униформы Клана Ноги, и что к кражам причастен его давний враг – Саки.
Эйприл О’Нил и Черепашки ищут в канализациях города то, что Шреддер назвал Технодромом. Они залазят под разрушенное здание Манхэттенских Служб Безопасности, но там его не находят. Эйприл допускает, что Технодром может передвигаться, и они вместе должны отправиться в туннель. Черепашки предлагают для начала сообщить об этом плане своему учителю.
Тем временем, Шреддера вызывают на ковер к Кренгу – студенистому существу, похожему на мозг, такому же злодею. Шреддер говорит, что Технодром имеет слабую безопасность, а по коллекторам бродят Хамато Йоши и его Черепашки. Кренг утверждает, что Йоши стал намного сильнее из-за мутагена, с помощью которого Шреддер пытался его уничтожить, и предлагает свой план победы над Черепашками и их учителем. Нужно лишь с помощью мутагена превратить своих головорезов в таких же мутантов.
Сплинтер предлагает помочь в поисках Технодрома, а Эйприл ищет информацию о нем на Шестом Канале. Тем временем, роботами из зоопарка похищены Носорог и Кабан. Эйприл убеждена, что расследование кражи может привести их к Технодрому.
Сплинтер самостоятельно находит Технодром, но его берет в плен один из роботов Шреддера, и когда Черепашки находят то, что искали, на них нападают роботы-ниндзя. Шреддер предлагает Черепашкам присоединиться к его команде, мотивируя это тем, что они стали такими сильными благодаря его мутагену. Те отказываются. Вместе со Сплинтером они возвращаются домой, а преследовавших их роботов Бибопа и Рокстеди запирают в клетках зоопарка.
Однако одноколесный робот Шреддера отпускает Бибопа и его напарника из заточения и сообщает о том, что Шреддер хочет их видеть.
Шреддер готовит новую операцию: в пустынном особняке одного из старых районов города он распускает новую партию своих дроидов, снабженных камерами дистанционного управления. Цель роботов – найти источник для нового научного оборудования.
В то же время, Бэкстер Стокман, городской ученый изобретатель создает механическое существо для уничтожения крыс. За финансированием он обращается в компанию «Контроль за вредителями Аякса», но те ему отказывают, считая, что новое изобретение может их разорить. Шреддер пользуется таким ходом вещей и предлагает ученому сотрудничество. Тот помогает злодею создать сотни управляемых Маузеров для борьбы с Черепахами.
Маузеры нападают на Сплинтера, но тому удается от них отбиться с помощью подоспевших Черепах. На одной из запчастей они видят подпись «Изобретение Стокмана» и тут же отправляются на поиски ученого. С помощью Эйприл Черепахам удается найти Бэкстера.
Тем временем Шреддер, на полную силу попользовавшись Стокманом, решает от него избавиться с помощью своих Пехотинцев. Те настигают его около дома, но на помощь ученому приходят Черепахи. В благодарность Бэкстер рассказывает им свою историю, а также о том, что у Шреддера в запасе еще сотни Маузеров. Стокман дает Черепашкам свой фургон, с помощью которого они управляют Маузерами, которые напали на дом Эйприл.
После этого они отправляются в пустынный особняк и уничтожают управляющее устройство: Донателло программирует их на разрушение особняка. Это заставляет Шреддера отступить к Технодрому. Черепахи снова теряют своего заклятого врага. Они оставляют себе фургон Бакстера для дальнейшей слежки за Шреддером.
В Технодроме, глубоко под Нью-Йорком, Крэнг напоминает Шреддеру, что тот снова упустил шанс расправиться с Черепашками. Шреддер открывает портал между измерениями, чтобы добыть продвинутое оружие из Измерения «Х». Однако из портала вырываются трое подростков Нейтрино на летающих автомобилях, преследуемые двумя Каменными Воинами Крэнга.
В это же время, Черепашки и О'Нил переделывают старый фургон Бакстера Стокмана для того, чтобы обнаружить месторасположение Технодрома, который оказывается под Международным Торговым Центром. Внезапно из метро вырываются Нейтрино и Черепашки начинают их преследовать, приняв за агентов Шреддера. Однако, узнав о том, что Нейтрино на самом деле пришельцы из Измерения «Х», которые ненавидят войну, Черепашки предлагают им свою дружбу и помощь в борьбе с Каменными Воинами.
Черепашки вступают в бой с Каменными Воинами и те отступают в Технодром. Однако оставляют за собой погодный спутник, который вместо того, чтобы передавать прогнозы может сам изменять погоду. У Черепашек есть два часа, чтобы предотвратить разрушительный шторм, вызванный спутником. Нейтрино, Черепашки и Эйприл отправляются в Технодром, где побеждают Бибопа и Рокстеди и отправляют Каменных Воинов через портал, назад в Измерение Х. Нейтрино также отправляются домой, оставив Черепашкам один из летающих автомобилей, который они используют, чтобы уничтожить погодный спутник.
Шреддер связывается с Черепашками и рассказывает о том, что создал устройство, способное отменить мутации. Он заявляет, что сможет превратить Сплинтера обратно в в Хамато Йоши и приглашает Черепашек попробовать отобрать у него устройство.
В Технодроме Шреддер показывает Крэнгу его новое тело – робота, которым Крэнг сможет управлять изнутри. Робот оборудован специальным микрочипом, способным увеличивать Крэнга и его новое тело.
Черепашки и Сплинтер врываются в Технодром и легко побеждают Бибопа и Рокстеди. Шреддер отправляет на борьбу с Черепашками армию роботов. Сплинтер отправляется на поиски анти-мутагенного устройства, но встречает Шреддера, и они начинают драться.
В это время Черепашки обнаруживают, что Крэнг собирается начать вторжение Каменных Воинов из Измерения Х. Крэнг увеличивается в размерах и Черепашки, с помощью дирижабля, уничтожают микрочип. Робот Крэнга возвращается к прежним размерам. Появляется Шреддер, готовый использовать анти-мутагенное устройство, чтобы превратить Ниндзя в обыкновенных черепашек. Сплинтер уничтожает устройство и вместе с ним свою последнюю надежду на возвращение к нормальной жизни.
Шреддер и Крэнг отступают к Технодрому, где из портала уже появляются первые Каменные Воины армии Крэнга. Донателло изменяет поток портала и Технодром полностью затягивает себя в Измерение «Х» вместе с Шреддером и Крэнгом.
Занимаясь в Центральном парке, Чеперашки стали свидетелями крушения инопланетного корабля. На месте крушения они обнаружили пилота, который предупредил их об опасности трех осколков «Глаза Сарната» и попросил их найти. Инопланетянин сказал, что если три осколка соединить вместе, они создадут энергию, неизвестную землянам. Пилот дал Черепашкам кристалл, который поможет им найти все три осколка перед тем, как они попадут в плохие руки. К сожалению, за всем разговором наблюдал Шреддер, и у него снова появился коварный план.
Первый осколок Черепахи нашли рядом с крушением, в мусоре, но Шреддер за ними следил и отобрал осколок. Испробовав его на Черепашках, он узнает его секретную силу: он сделал из Черепашек лилипутов! Шреддер пытается забрать и кристалл, но Черепашки убегают, спасаясь в канализации.
Сплинтер, видя проблему Черепашек, обращается к Эйприл за помощью найти Шреддера и инопланетный осколок, а Шреддер, тем временем, уменьшает небоскребы до игрушечных размеров, чтобы впечатлить Кренга. Саки, глава клана Ноги, враждующего с Чеперашками, обращается к Стокману за помощью их найти. Тот мастерит устройство для нахождения Черепах. Злодеи находят наших героев и собираются их уничтожить, но ситуацию исправляет Эйприл. Она хватает осколок и направляет его на Черепашек. Осколок излучает желтый свет и те возвращаются к своему прежнему виду, но Шреддер и Бакстер Стокман убегают, выхватив первый фрагмент «Глаза Сарната».
Продолжение предыдущей серии. Черепашки и Эйприл ищут второй осколок «Глаза Сарната», а Шреддер, по своей глупости, теряет первый осколок и обращается к Кренгу за помощью. Тот соглашается использовать свое высокотехнологичное оборудование для нахождения первого фрагмента «Глаза Сарната». Впоследствии оказывается, что он находится за городом, в месте, где путешествующее цирковое шоу разместило свои палатки.
Тем временем кристалл приводит Черепах и Эйприл в то же место за фрагментом, но, оказывается, что его нашли два маленьких мальчика. Эйприл безуспешно пытается выкупить осколок за три доллара, а Черепашки делают попытки заработать больше денег, выступая перед аудиторией. Шреддер решает пойти легким путем, и попросту крадет осколок у мальчиков.
Используя осколок в своем убежище, Шреддер и Бакстер исследуют его возможности, и обнаруживают, что тот превратил безобидную амебу в растение-мутанта. Это событие еще больше подзадоривает Шреддера найти все три осколка и уничтожить Черепашек.
Он создает гигантские растения-мутанты и направляет их в логово Черепашек. Те легко с ними расправляются, отправляя их в канализацию.
У себя дома Эйприл обнаруживает записку, в которой говорится, где ей нужно встретиться с Черепашками. Но на встречу приходят не наши герои, а Шреддер, и он, взяв журналистку в заложники, вызывает к себе Черепашек. Те прибывают в костюмах разносчиков пиццы и вламываются в убежище злодеев. Эйприл спасена, а Шреддер и Стокман снова сбегают.
К сожалению, у наших героев появляется новая головная боль: растений-мутантов стает еще больше, и они начинают разгуливать по улицам Нью-Йорка. В борьбе с ними Черепашки терпят поражение, но мудрые слова Сплинтера помогают им исправить свою ошибку и уничтожить врага.
Продолжение предыдущей серии. В кристалле садятся батарейки, и Донателло использует запасные схемы из корабля для того, чтобы найти второй фрагмент «Глаза Сарната». На улице новый прибор приводит Черепашек к отделению банка. По воле случая, они срывают настоящее ограбление банка, пока Шреддер и Стокман находят второй фрагмент и скрываются у себя в убежище. Шреддер тут же связывается с Кренгом и сообщает о своей находке. Он утверждает, что если бы ему удалось подключить осколок к компьютеру, они получили бы неограниченную власть. Кренг сомневается в том, что Шреддер добьется успеха.
Тем временем, устройство слежения ломается и устраивает короткое замыкание в треке Черепах. Наши герои связываются с Эйприл и назначают ей встречу на территории строительной площадки.
Шреддер вламывается в Хай-тек лабораторию и вставляет второй фрагмент в компьютер. Полученная энергия доказывает свою эффективность, найдя Черепашек и Эйприл. Она активизирует близлежащие машины с целью уничтожить Черепах и Эйприл. Героям чудом удается спастись.
Компьютеру нужно больше энергии и он начинает тянуть ее из заводов города, и вскоре все машины превращаются в берсерков. Город в хаосе, Шреддер этому радуется, зная, что Черепахи найдут его, и он сможет их уничтожить.
Наши герои находят Шреддера, но компьютер принимает на себя управление их фургоном. Донателло, с помощью своего устройства для слежения, устраивает в фургоне короткое замыкание и деактивирует компьютер.
